另一個18.88高分LncRNA研究思路,學起來

在該文章中,科研大神們研究了LncRNA HOXC-AS3與胃癌的聯系,發現HOXC-AS3可能在轉錄水平上起主要調節作用,并經過試驗驗證HOXC-AS3通過轉錄之后調控其他基因來參與胃癌的發生,該研究內容較多,也較深入,那今天我們來看另外一篇高分文章,與之前文章的研究思路作比較,總結關于LncRNA的研究思路可以有哪些。

文章:H19 Induces Abdominal Aortic Aneurysm Development and Progression

期刊:《Circulation》

影響因子:18.88

該文章研究的是lncRNA H19與腹主動脈瘤(AAA)發展的聯系,我們來看文章的具體內容:

1. 作者建立了兩種動物模型,首先在小鼠模型中進行RNA測序,發現lncRNA H19是AAA組織中上調的轉錄因子之一;

但在PPE輸注的另外的小鼠模型中發現了三個有關的上調LncRNA,但是因為lncRNA H19在小鼠和人類樣本中是最顯著上調的IncRNA,故選它作為研究對象;

之后研究人員設置了體內敲除lncRNA H19實驗以及原位雜交實驗,結果表明,H19表達在擴張的主動脈組織中的內側SMC中顯著升高;

2. 研究人員又采用動態活細胞成像系統觀察到H19的過度表達導致SMCs細胞凋亡增強和增殖率降低。敲除H19抑制SMC凋亡,但未觀察到對增殖率有顯著影響,這些數據表明lncRNA H19可調節平滑肌細胞功能;

3. 大量研究表明H19可能作為miR-675的貯存器發揮作用,用lncRNA H19野生型載體(H19 wt)或lncRNA H19突變株轉染培養的hAoSMC,來評估miR675在H19介導的SMCs效應中的作用,結果表明在AAA發育過程中,H19對SMC的影響與miR675無關;

4. 接下來作者進行了分析和推測,提出H19可能通過改變轉錄因子調節SMC細胞凋亡,并確定了幾個轉錄因子;

設計RNA陣列來研究H19過表達和敲除后SMC中轉錄因子表達的變化。結果表明HIF1是唯一的差異調節因子;之后使用siRNA誘導HIF1α的抑制,證實HIF1α介導H19的作用;

為了進一步探討HIF1α觸發SMC凋亡的機制,作者進行了HIF1α過表達,或者通過AAA相關因子AngII誘導其表達,由此引出與促凋亡蛋白Bcl-2啟動子區相關的p53結合位點;

5. 用qRT-PCR評估小鼠和人AAA樣品中HIF1α和凋亡相關基因的表達,結果表明H19,HIF1α和BAX均表達上調,而抗凋亡蛋白BCL2在鼠AngII和PPE模型以及人主動脈瘤中均顯著下調,H19和HIF1α在兩種小鼠模型中誘導一致,而已知HIF1α下游靶標的特定變化在不同的模型中不一致,說明這些變化可能與模型相關而不是呈HIF1α依賴性;

6. 之后作者通過PPE灌注在野生型(WT)或Ldlr-/-Yucatan迷你豬中誘導AAA,與假手術組相比,H19的表達顯著上調,同時PPE誘導的AAA中HIF1α的表達增強;

7. 之后研究人員利用原位雜交(ISH)和鄰近連接測定(PLA)來評估H19和HIF1α之間的物理相互作用,結果表明AngII治療以及H19的過表達顯著增強了H19和HIF1(主要在細胞質中)之間的相互作用;

8. 作者又設計了生物素標記的ISH探針,靶向HIF1α啟動子區域,在細胞核中證實了Sp1和H19之間的相互作用模式。然后使用在啟動子區域含有HIF1α wt或Sp1結合位點突變體的熒光素酶報告基因測定法。觀察發現Sp1和H19過表達的組合處理顯著增加了轉錄活性,這表明H19可促進Sp1與HIF1α啟動子區域的結合;

9. 此外,作者使用LongTarget工具預測H19-HIF1結合模式,這些數據表明,H19通過招募Sp1啟動子區域增強HIF1γ轉錄。

現在我們來總結下,上篇文章中,作者首先采取生信分析方法在胃癌表達譜中確定一個高表達的LncRNA,接下來驗證,驗證完后探討其機制,重點就在這里,上篇文章中,作者先做推測該LncRNA在順式元件中起作用,然后做實驗證實該推測判斷錯誤,說明該LncRNA可能在轉錄水平上起主要調節作用,之后又深入做實驗證實了該結論;

而在本文中,作者建立了兩個不同的誘導動物模型,這就成為了該文章的加分項之一,然后作者確定了要研究的LncRNA之后,也進行了細胞實驗驗證其功能,之后推測其作用機制。

這篇文章的重點就在這里,經過分析確定了有可能與之相關的miRNA,但實驗證明該LncRNA對腫瘤的影響與該miRNA并無聯系,于是作者進行了分析和推測,提出H19可能通過改變轉錄因子來調節SMC細胞凋亡,之后設置實驗證實H19促進HIF1α的轉錄,并且可以調控其翻譯后在細胞內的定位,如下圖所示:

所以,上篇文章中,是關于lncRNA在轉錄水平上的調控作用,而該篇文章中是關于lncRNA促進HIF1α的轉錄,且在翻譯后進行調控,那你學習到了嗎?

看來,想要發高分文章,普通的套路是不行的,思路才是最重要的,你有什么想法,在留言區與小編一起討論吧~

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